В стеблях и соцветиях зизифоры обнаружены фитонициды, эфирное масло, которое содержит спирт, ментол, пулегон, кумарин, альфа-терпинен.

Зизифору часто добавляют в сборы лекарственных трав, имеющих не очень приятный запах. Ее стойкий, приятный, душистый, немного мятный аромат улучшает запах сбора. Болеутоляющие свойства зизифоры делают ее популярным растением для сборов трав, которые рекомендуют при простуде, зубной боли, скрофулезе. Эфирные масла зизифоры, смешивая с нейтральной основой, используют для растираний при ревматизме. Применение зизифоры при кишечных расстройствах, поносах также возможно, дубильные вещества, содержащиеся в траве зизифоры, помогают справиться с этими неприятными заболеваниями.