Все растение содержит стероидные сапонины, иридоидные гликозиды, гликозид асперулозид, аскорбиновую кислоту и каротин (витамин С и витамин А), каротиноиды, флавоноиды, дубильные и красящие вещества, кумарины и антрахиноны. Растение богато различными кислотами, среди которых лимонная, эллаговая и галловая кислота, а также фенолкарбоновые кислоты. В подмареннике настоящем есть и микроэлементы - железо, медь, марганец, молибден, ванадий, цинк, никель, хром, таллий, титан.

Высушенный и измельченный подмаренник используют в качестве присыпки, а также используют в качестве кровоостанавливающего средства, им лечат геморрой, носовые кровотечения, болезненные и чересчур обильные менструации. Часто подмаренника применяют при дизентерии, поносах, при коликах и рези в желудке, им лечат гастриты, эндометриты, используют в качестве мочегонного средства при отеках, мочекаменной болезни, нефритах. Как болеутоляющее эффективен при головных болях и подагре.