Семена льна содержат жирное высыхающее масло, в состав которого входят триглицериды линоленовой, линолевой, олеиновой, пальмитиновой и стеариновой кислот, слизь, белок, углеводы, органические кислоты, ферменты, витамин А, стеролы. В оболочках семян найдены высокомолекулярные соединения, дающие при гидролизе линокафеин, линоцинамарин.

Слизь семян применяют внутрь при эзофагитах, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, энтеритах, колитах. Слизистые лечебные клизмы назначают больным дизентерией, при проктитах и геморрое. Наружно слизь используют при трофических язвах, поражениях кожи после рентгеновского облучения. Семена употребляют и как щадящее слабительное средство